Créée en 1982 par la Déclaration de Port-Louis et institutionnalisée en 1984 par l’Accord de Victoria, la COI est une organisation intergouvernementale qui regroupe cinq États membres : l’Union des Comores, la France (au titre de La Réunion), Madagascar, Maurice et les Seychelles. Son siège est situé à Ébène, à l’île Maurice .  
La mission principale de la COI est de renforcer les liens entre les îles de l’Indianocéanie et de soutenir ses États membres dans leur cheminement vers le développement durable. Elle intervient dans des domaines où une action régionale présente une forte valeur ajoutée, tels que la sécurité alimentaire, la santé publique, la sécurité maritime, la préservation de l’environnement, l’éducation, la culture, la gouvernance et la stabilité politique . 
Parmi ses initiatives notables, la COI a mis en place le programme SEGA-One Health, un réseau de surveillance épidémiologique intégrée, et a joué un rôle clé dans la création du câble sous-marin METISS, visant à améliorer la connectivité numérique entre les îles de la région . 
En collaboration avec l’AUF, la COI contribue activement à la promotion de la francophonie universitaire en soutenant des projets de coopération régionale dans les domaines de l’enseignement supérieur et de la recherche. Cette collaboration vise à renforcer les capacités des institutions académiques de la région et à favoriser la mobilité des étudiants et des chercheurs.