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L’Assemblée générale est l’organe souverain de l’AUF. Elle réunit, tous les quatre ans, les établissements d’enseignement supérieur et de recherche membres de l’AUF. Cette assemblée détermine l’orientation et la ligne de conduite générale de l’AUF.
Le Conseil d’administration de l’AUF réunit à la fois des représentants universitaires et des représentants des États et des gouvernements. Ce conseil administre l’AUF dans le respect de la politique générale définie par l’Assemblée générale devant laquelle il est responsable.
Le Président de l’AUF est élu tous les quatre ans par les membres titulaires de l’Assemblée générale. Il représente l’AUF. Il préside l’Assemblée générale, le Conseil d’administration et ses structures de fonctionnement (Bureau, Commission des établissements, Commission des finances) et la Commission de développement stratégique.
La présidence de l’AUF est assurée depuis novembre 2025 par Prof. Alioune Badara Kandji, élu lors de la 19e Assemblée générale de l’AUF.
Le Rectorat est dirigé par le Recteur, lequel est assisté par un Directoire. Le Directoire est composé de la direction générale de l’AUF et de l’ensemble des directeurs centraux, régionaux et des instituts, tel que défini par le Règlement d’administration générale de l’AUF. Le Recteur assure la direction exécutive de l’AUF. Le mandat du recteur est de quatre ans et peut-être renouvelé une fois après appel à candidatures international et élections par le Conseil d‘administration.
Le Prof. Slim Khalbous a été élu Recteur par le Conseil d’administration en décembre 2019, puis réélu pour un second mandat en décembre 2023.
Le Conseil scientifique est un organe consultatif chargé de proposer des orientations de la politique scientifique et des définitions de la politique d’évaluation des programmes de l’AUF. Il se compose de vingt personnalités au plus, choisies pour leurs compétences scientifiques et de gouvernance universitaire ou de structure de recherche outre le Président, le Recteur et le membre du Rectorat en charge du Conseil scientifique.
Le Conseil économique et social est un organe consultatif chargé de proposer des orientations sur les questions d’ouverture sur l’écosystème des membres, l’employabilité et l’entrepreneuriat ainsi que les questions sociétales. Le Conseil économique et social est composé de dix membres issus du monde socio-économique outre le Président, le Recteur, le membre du Rectorat en charge du Conseil économique et social et le Directeur en charge de l’économie à l’Organisation Internationale de la Francophonie.
Le Conseil des réseaux est un organe consultatif chargé de proposer des orientations en matière de développement du réseautage francophone thématique soit disciplinaire soit de plaidoyer. Il est composé de dix réseaux au plus, représentés par leur Président, outre le Président, le Recteur et le membre du Rectorat en charge du Conseil des réseaux. Les réseaux sont répartis par pôle selon les champs disciplinaires ou de plaidoyer.
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