L'Université Sainte-Anne a été fondée en 1890 par les Eudistes, puis incorporée sous le nom de Collège Sainte-Anne en 1892. En 1971, l'administration du Collège fut confiée à des laics. L'établissement fut ensuite constitué officiellement sous le nom d'Université Sainte-Anne par une loi provinciale promulguée en 1977. La fusion de l'Université Sainte-Anne avec le Collège de l'Acadie en une seule institution est rendue officielle le 23 janvier 2003.
L'Université Sainte-Anne est la seule université francophone de la province de la Nouvelle-Ecosse. Elle offre à ses étudiants une formation permettant de devenir bilingue et répondant aux besoins des Acadiens des provinces maritimes en matière d'éducation et dans les domaines culturels, sociaux et économiques.
L'Université Sainte-Anne est administrée par un Conseil d'administration et un Sénat universitaire.
Elle comptait plus de 500 étudiantes et étudiants au 1er octobre 2019.