La mission de l'Ifao est l’étude des cultures qui se sont succédé en Égypte de la préhistoire à l’époque contemporaine. Il mène 30 chantiers archéologiques sur l'ensemble du territoire, pour un total d’environ 90 opérations scientifiques. Cette activité est soutenue par différents services : topographie, photographie, céramologie, conservation-restauration, analyse des matériaux et datation 14C, ainsi qu’une bibliothèque riche de 90 000 volumes ; les archives conservent la mémoire des travaux menés par les chercheurs français en Égypte. Son imprimerie permet à l’Ifao d’assurer lui-même la Publication des travaux.