L’Université de Guinée équatoriale a été créée en 1995 et a commencé à fonctionner en 1996. Elle est placée sous la tutelle du Ministère de l’Éducation, des Enseignement Université et des Sports. L’UNGE est établie sur deux campus, l’un sur l’île de Malabo, la capitale du pays, et l’autre à Bata sur le continent.
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