L’UJ est composé de : la faculté des sciences juridiques, économiques et de gestion de Jendouba, l’institut supérieur des sciences humaines de Jendouba, l’institut supérieur du sport et de l’éducation physique du Kef, l’Institut Supérieur des Études Appliquées en Humanités du Kef, l’Institut Supérieur des Langues Appliquées et d’Informatique de Béja ; l’Institut Supérieur de Musique et de Théâtre du Kef, l’Institut Supérieur des Arts et Métiers de Siliana, l’Institut Supérieur de l’Informatique du Kef, l’Institut Supérieur de Biotechnologie de Béja, l’Institut Supérieur des Sciences Infirmières du Kef, l’Institut Supérieur Sylvo-Pastoral de Tabarka, l’École Supérieure des Ingénieurs de l’Équipement Rural de Medjez El Bab, l’École Supérieure d’Agriculture du Kef.