Fondé en 1818, puis incorporé civilement en 1871, le Collège de Saint-Boniface fut, avec deux autres collèges de Winnipeg, cofondateur de l'Université du Manitoba en 1877. En 1885, les Pères Jésuites prirent la direction du Collège et, après 82 ans de service, la remettaient en 1967 à l'Archevêché de Saint-Boniface. En 1969, l'Archevêché cédait le Collège et sa direction à une corporation laïque du Collège.
Pour mieux servir les francophones de l'Ouest canadien, le traditionnel cours classique du Collège s'est progressivement ouvert aux humanités modernes. En 1972, le Collège ouvrait l'Institut pédagogique, puis, en 1975, il se dotait d'un secteur Collège communautaire, devenu l'Ecole technique et professionnelle. Le Collège participa en 1978 à la création d'un Centre d'études franco-canadiennes de l'Ouest (CEFCO) qui a pour but d'inventorier tous les domaines où l'action des francophones de l'Ouest est prédominante.
Le Collège comptait 3 282 étudiants en 1994-95, dont 750 étudiants réguliers et 2 532 à la Division de l'éducation permanente.