L’Institut Saint Jean a été créé en 2016 dans le cadre de la stratégie du développement de la mission éducative et de formation de la Congrégation Saint Jean au Cameroun. Dans la continuité de l’éducation secondaire dispensée au Collège Vogt (un des deux principaux Collèges d’excellence dans le pays) la Congrégation avait créé en 2009 Prépa Vogt, qui offre des Classes préparatoires intégrées permettant aux élèves ayant un projet d’études à l’international D’intégrer, sans concours, des écoles de haut niveau à l’étranger. La création de l’Institut Saint Jean quant à elle, répond à l’ambition de proposer aux jeunes Camerounaises et Camerounais une formation d’ingénieur d’excellence d’un niveau équivalent à celles qu’ils pourraient suivre en Europe. Ceci afin de surmonter les obstacles du coût élevé pour des familles camerounaises des études à l’étranger comme les difficultés de l’adaptation culturelle, et évitant ainsi de contribuer au phénomène de fuite des cerveaux. Cette ambition d’une reconnaissance internationale et de formation d’ingénieurs de haut niveau qui puissent contribuer au développement du Cameroun ou éventuellement partir travailler à l’international en fonction de leur projet, a conduit l'École à postuler et obtenir, à la fois, l'accréditation CTI et le label EURACE, Ce projet ambitieux a dû composer avec les contraintes institutionnelles et socio-économiques de l’Enseignement Supérieur Privé au Cameroun.