Héritière de l'Université de Bordeaux dont l'origine remonte à 1441, l'Université de Bordeaux III est issue de la loi d'orientation sur l'enseignement supérieur du 12 novembre 1968. Elle regroupe les enseignements fondamentaux littéraires et des filières directement axées sur les professions : géologie, environnement, géographie, information et communication. Elle est également dotée d'un IUT (Institut universitaire de technologie) et de deux IUP (Institut universitaire professionnalisé).
En janvier 1991, elle adopte la dénomination Université Michel de Montaigne.
Elle comptait 16 635 étudiants au 1er janvier 1996.