L’Université de Mostar est composé de dix facultés, d’une académie, de neuf instituts, d’une bibliothèque universitaire et d’un centre d’étudiant. Les cours dispensés aux quelques 12 000 étudiants sont organisés en formation initiale et continue, en licence, en master, en doctorat ainsi qu’en études intégrées. La Faculté de Médecine dispose également de cours en langue anglaise et la Faculté des Lettres organise les cours en anglais pour le cycle de master. Le français est introduit en tant que matière optionnelle à la Faculté des Lettres. Le processus d’enseignement est assuré par plus de 1 000 enseignants et les tâches administratives, techniques et logistiques par plus de 190 employés.
Faculté d’Agronomie et de Technologie Alimentaire; Faculté d’Economie; Faculté de Génie Civil; Faculté de Médecine; Faculté de Pharmacie; Faculté des Lettres; Faculté des Sciences Naturelles, Mathématiques et Pédagogiques; Faculté de Génie Mécanique, de Génie Informatique et de Génie Electrique; Faculté des Etudes de Santé;Académie des Beaux Arts. A partir de l’année universitaire 2016/2017, la langue et la culture françaises sont enseignées, comme matière optionnelle, en licence et en master à la Faculté des Lettres de l’Université de Mostar.