L'UEA organise 5 Facultés: -Théologie: théologie protestante, paix et développement -Sciences économiques et de gestion: gestion financière, économie rurale, économie de l'environnement, économie monétaire -Sciences agronomiques et environnement: technologie alimentaire, la phytotechnie, la zootechnie, sciences de l'environnement -Médecine et santé communautaire: médecine générale chirurgie, médecine interne, pédiatrie, gynécologie et obstétrique, médecine de famille; Hôpital de Panzi -Sciences sociales: service social, paix et transformation des conflits -chaire internationale Dr Denis Mukwege