Les professeurs et les étudiants exercent la décision et le gouvernement de l'Université, à travers les organes suivants: a) Congrès Universitaire. Cette instance devient l'organe suprême de gouvernement et de décision de l’UMSS. b) Conseil Universitaire. Cette entité de pairs exerce le gouvernement de l’Université obéissant les principes statutaires, les résolutions du Congrès et autres normes réglementées, devenant, ainsi, la plus haute instance de gouvernement de l'UMSS, entre Congrès et Congrès. Pour que les activités soient plus dynamiques, le Conseil Universitaire a les suivants comités permanents: Comité de Coordination Exécutive, le Comité Académique, le Comité Administratif et Financier et le Comité Juridique. Recteur et Vice-recteur Le Recteur et le Vice-recteur, sont les autorités principales de l'Université et sont élus par élections universitaires dans lesquelles participent professeurs et étudiants ; ils exercent leurs fonctions pendant quatre ans, et ont pour mission principale de représenter et diriger l'Université dans toute ses activités et se charger de tout ce qui est de caractère administratif et académique, respectivement. Le Rectorat est responsable de 4 Directions: la Direction d'Administration et des Finances (DAF), la Direction Universitaire du Bien-être des étudiants (DUBE), la Direction des Relations Internationales et des Conventions (DRIC) et la Direction Universitaire d'Évaluation et d'Accréditation (DUEA). Le Vice-recteur est également en charge de 4 directions: la Direction de Planification Universitaire (DPA), la Direction de Recherche Scientifique et Technologique (DICYT), la Direction d’Interaction Universitaire Sociale (DISU) et l’Ecole Universitaire des Post- Graduats (EUPG).