Sous la responsabilité d'un Président nommé en conseil des Ministres, l'Université Nazi BONI comprend à ce jour, des Unités de formation et de recherche (UFR), des Ecoles et des Instituts qui sont des structures d'enseignement supérieur et de recherche scientifique ayant pour mission : la formation théorique, appliquée et professionnalisée. Elle crée et confère des grades et diplômes qu'elle délivre conformément à la réglementation en vigueur. Elle comprend : l'Institut du Développement rural (IDR), l'Institut universitaire de technologie (IUT), l'Institut supérieur des Sciences de la Santé (INSSA), l'École supérieure d'informatique (ESI), l"Unité de formation et de recherche en Sciences juridiques, politiques, économiques, et de gestion 'UFR/SJPEG), l'unité de formation et recherche en Sciences humaines, lettre, art et média (UFR/SH-LAM), l'Unité de formation et de recherche en Science et Technique (UFR/ST). Elle comprend trois (03) écoles doctorales : l'Ecole doctorale Sciences naturelles et agronomie, l'Ecole doctorale Sciences et Techniques, l'Ecole doctorale Sciences de la Santé. Par ailleurs deux centres universitaires nouvellement créés sont rattachés à l'Université Nazi BONI. Ce sont : le Centre universitaire de Gaoua (CUG) et le Centre universitaire de Banfora (CUB). Ces deux centres sont sous la responsabilité de deux chargés de mission qui ont été nommés à cet effet.