Les ressources financières de l’AUF proviennent en majeure partie de contributions gouvernementales versées par la France, le Canada, le Canada-Québec, la Communauté française de Belgique, la Suisse, le Canada-Nouveau-Brunswick, le Canada Ontario, le Cameroun et le Liban.
Les cotisations des membres ainsi que des contributions issues de partenariats viennent compléter ses moyens.
L’AUF participe en effet à de nombreux projets réalisés en collaboration avec l’Organisation internationale de la Francophonie (OIF) et les autres opérateurs de la Francophonie (Association internationale des maires francophones, TV5Monde, Université Senghor). Dans une optique de complémentarité et de diversification de ses ressources, elle développe également des relations de partenariats avec plusieurs organisations internationales (Banque mondiale, UNESCO, AFD, UEMOA, CAMES, ministères…), des associations nationales ou internationales et des entreprises du secteur privé qui ont un intérêt de coopération universitaire.
En 2017, les ressources de l’AUF s’élèvent à 34,89 M€.